സര്‍വീസില്‍ തിരികെ പ്രവേശിച്ചതിന് പിന്നാലെ സര്‍ക്കാരിനെതിരെ പരിഹാസവുമായി ജേക്കബ് തോമസ്. 101 തവണ വെട്ടിയാലും വായ്ത്തല പോകാത്ത അരിവാളും കത്തിയും ഉണ്ടാക്കിയേ പോകൂവെന്നായിരുന്നു ജേക്കബ് തോമസിന്റെ ഒളിയമ്പ്. മൂര്‍ച്ച കൂടിയാല്‍ പ്രശ്‌നമാകുമോയെന്ന് അറിയില്ലെന്നും അദ്ദേഹം പറഞ്ഞു. ഷൊര്‍ണൂര്‍ മെറ്റല്‍ ഇന്‍ഡസ്ട്രീസ് ലിമിറ്റഡിന്റെ എംഡിയായി ചുമതലയേറ്റ ശേഷം മാധ്യമങ്ങളോടായിരുന്നു അദ്ദേഹത്തിന്റെ പ്രതികരണം.
മെറ്റല്‍ ഇന്‍ഡസ്ട്രീസ് മേധാവിയുടെ പദവി വിജിലന്‍സ് ഡയറക്ടര്‍ സ്ഥാനത്തിന് തുല്യമാക്കി ഉയര്‍ത്തി സര്‍ക്കാര്‍ വലിയ നയപരമായ തീരുമാനമെടുത്തിരിക്കുകയാണ്. എന്തായാലും നല്ല അരിവാളും ചുറ്റികയും കത്തിയും കോടാലിയും ഒക്കെ ഉണ്ടാക്കിയിട്ടേ ഞാന്‍ പോകൂ. ഇനി മൂര്‍ച്ചകൂടിയതുകൊണ്ട് അത്രയും വേണ്ടെന്ന് പറഞ്ഞ് തന്നെ മാറ്റിയെങ്കിലേയുള്ളൂവെന്നും ജേക്കബ് തോമസ് പരിഹസിച്ചു. സസ്‌പെന്‍ഷന്‍ റദ്ദാക്കി ജേക്കബ് തോമസിനെ തിരിച്ചെടുക്കാന്‍ ജൂലൈ 29 ന് കേന്ദ്ര അഡ്മിനിസ്‌ട്രേറ്റീവ് ട്രിബ്യൂണല്‍ ഉത്തരവിടുകയായിരുന്നു.
ബന്ധു നിയമന കേസില്‍ വ്യവസായ മന്ത്രി ഇപി ജയരാജനൈതിരെ കേസെടുത്തതോടെയാണ് ജേക്കബ് തോമസ് സര്‍ക്കാരിന് അനഭിമതനായത്. പിന്നാലെ ഇദ്ദേഹത്തെ വിജിലന്‍സ് ഡയറക്ടര്‍ സ്ഥാനത്ത് നിന്ന് നീക്കി. അതിനിടെ ഓഖി ദുരിതാശ്വാസ ഫണ്ട് വിനിയോഗത്തില്‍ സര്‍ക്കാരിനെ വിമര്‍ശിച്ചതടക്കമുള്ള വിഷയങ്ങളെ തുടര്‍ന്ന് ജേക്കബ് തോമസിനെ സസ്‌പെന്‍ഡ് ചെയ്തു.
ശേഷം സര്‍ക്കാരിന്റെ അനുമതിയില്ലാതെ പുസ്തകമെഴുതിയതടക്കം ചൂണ്ടിക്കാട്ടി അച്ചടക്ക നടപടി നീട്ടി. സ്രാവുകള്‍ക്കൊപ്പം നീന്തുമ്പോള്‍ എന്ന പേരില്‍ സര്‍വീസ് അനുഭവങ്ങളാണ് പുസ്തകരൂപത്തിലാക്കുകയായിരുന്നു. എന്നാല്‍ സര്‍ക്കാര്‍ തീരുമാനത്തെ രൂക്ഷമായി വിമര്‍ശിച്ചുകൊണ്ട് കേന്ദ്ര അഡ്മിനിസ്‌ട്രേറ്റീവ് ട്രിബ്യൂണല്‍ സസ്‌പെന്‍ഷന്‍ റദ്ദാക്കി. അതേസമയം ഇപി ജയരാജന്‍ മന്ത്രിയായ വ്യവസായ വകുപ്പിന് കീഴിലാണ് ജേക്കബ് തോമസിന് നിയമനമെന്നതും ശ്രദ്ധേയമാണ്.