പിണറായി വിജയന് സര്ക്കാരിന്റെ തുടക്കകാലത്ത് അഴിമതിക്കെതിരെ മുന്നിരയില് പ്രതിഷ്ഠിച്ച ഉദ്യോഗസ്ഥനായിരുന്നു ജേക്കബ് തോമസ്. വിജിലന്സ് ഡയറക്ടറുടെ പദവിയില് ജേക്കബ് തോമസിനെ പ്രതിഷ്ഠിച്ചപ്പോള് എതിര്പ്പുയര്ത്തിയതില് പ്രധാനികള് പ്രതിപക്ഷമായിരുന്നു. പാര്ട്ടിയില് നിന്നുള്പ്പെടെ സമ്മര്ദ്ദവും വിയോജിപ്പുമുയര്ന്നപ്പോഴും നിയമസഭക്ക് അകത്തും പുറത്തും വിജിലന്സ് ഡയറക്ടറായ ജേക്കബ് തോമസിന് വേണ്ടി ശക്തിയുക്തം വാദിച്ചത് മുഖ്യമന്ത്രി പിണറായി വിജയന് തന്നെയായിരുന്നു.
2020ല് ജേക്കബ് തോമസ് 35 വര്ഷത്തെ സര്വീസ് അവസാനിപ്പിക്കുന്നത് സര്ക്കാരിനോട് പൂര്ണമായും ഇടഞ്ഞുനില്ക്കുന്ന ഉദ്യോഗസ്ഥനായാണ്. അതിനൊപ്പം രാഷ്ട്രീയ നിലപാടില് സംഘപരിവാര് സഹയാത്രികനായും. വിജിലന്സ് കുറ്റപത്രം സമര്പ്പിക്കുന്നതിലും കേസെടുക്കുന്നതിലുമുള്ള പരിഷ്കാരം, വിജില് കേരള പദ്ധതി തുടങ്ങി വിജിലന്സില് നവീകരണങ്ങള് നടപ്പാക്കുന്നതും മുഖ്യമന്ത്രിയുടെ പിന്തുണയോടെയാണ്. വ്യവസായ മന്ത്രിയായ ഇ.പി ജയരാജനെതിരായ ബന്ധുനിയമന പരാതിയില് കേസെടുത്തതിന് പിന്നാലെയാണ് ജേക്കബ് തോമസ് സര്ക്കാരുമായി ഇടയുന്നത്. നേരത്തെ തന്നെ ഐഎഎസ് ഐപിഎസ് തലപ്പത്തുള്ളവരുമായി ഇടഞ്ഞുനില്ക്കുകയായിരുന്നു ജേക്കബ് തോമസ്. ഇപി ജയരാജനുമായ ബന്ധപ്പെട്ട കേസില് മുഖ്യമന്ത്രിയും കൈവിട്ടു. ഓഖി ദുരിതാശ്വാസ പ്രവര്ത്തനവുമായി ബന്ധപ്പെട്ടും സര്ക്കാരിനെതിരെ ജേക്കബ് തോമസ് പരസ്യവിമര്ശനമുയര്ത്തിയിരുന്നു.
'സ്രാവുകള്ക്കൊപ്പം നീന്തുമ്പോള്' എന്ന ആത്മകഥ സര്വീസിലിരിക്കെ അനുമതി വാങ്ങാതെ സര്ക്കാരിനെ വിമര്ശിച്ചെഴുതിയും പരസ്യമായ പോര് തുടര്ന്നു. 2017ല് നിര്ബന്ധിത അവധിയില് പോകാനുള്ള നിര്ദേശമുണ്ടായി. സര്ക്കാരിനെ വിമര്ശിച്ചു, സര്വീസിലിരിക്കെ സര്വീസ് കാര്യങ്ങള് വെളിപ്പെടുത്തി, അനുമതിയില്ലാതെ പുസ്തക രചന തുടങ്ങിയവ ആയിരുന്നു ചട്ടലംഘനങ്ങള്. ഈ ഘട്ടത്തില് സ്വയം വിരമിക്കലിന് അപേക്ഷ നല്കിയെങ്കിലും സര്ക്കാര് അനുകൂല തീരുമാനമെടുത്തില്ല. ആര്എസ്എസ് വേദിയില് സംഘടനയെ പുകഴ്ത്തി മുഖ്യാതിഥിയായി പങ്കെടുത്തും, സംഘപരിവാറിനോടും ബിജെപിയോടുമുള്ള അടുപ്പം പരസ്യമാക്കിയും ജേക്കബ് തോമസ് രാഷ്ട്രീയം പരസ്യപ്പെടുത്തി. ജേക്കബ് തോമസ് ബിജെപിയില് ചേരുന്നതായും സുപ്രധാന പദവി ലഭിക്കുമെന്ന തരത്തില് വാര്ത്തകളും വന്നിരുന്നു. കിറ്റെക്സിന്റെ ഉടമകള് നേതൃത്വം നല്കുന്ന കോര്പ്പറേറ്റ് രാഷ്ട്രീയ മോഡലായ ട്വന്റി ട്വന്റിയുടെ സാരഥിയായി കഴിഞ്ഞ ലോക്സഭാ തെരഞ്ഞെടുപ്പില് ചാലക്കുടി മണ്ഡലത്തില് മത്സരിക്കാനും ജേക്കബ് തോമസ് തീരുമാനിച്ചിരുന്നു. ബിജെപിയുടെ പിന്തുണയോട് കൂടിയാണോ മത്സരിക്കാന് തീരുമാനിച്ചതെന്ന ചോദ്യത്തിനും ഡല്ഹിയില് ബിജെപി നേതാക്കളോട് ചര്ച്ച നടത്തിയോ എന്ന ചോദ്യത്തിനും ഈ ഘട്ടത്തില് മറുപടിയില്ലെന്നായിരുന്നു അന്ന് ജേക്കബ് തോമസ് പറഞ്ഞിരുന്നത്.
ആര്എസ്എസ് കൊച്ചി മാവേലിപുരത്ത് സംഘടിപ്പിച്ച ഗുരുപൂജ പരിപാടിയില് അതിഥിയായ ജേക്കബ് തോമസ് ശബരിമല സ്ത്രീപ്രവേശന വിധി നടപ്പാക്കുന്നതുമായി ബന്ധപ്പെട്ട വിഷയത്തില് മുഖ്യമന്ത്രിക്കെതിരെ വിമര്ശനമുയര്ത്തി. ആര്എസ്എസിന്റെ സംസ്ഥാന നേതാവ് വല്സല് തില്ലങ്കേരിക്കൊപ്പമാണ് ജേക്കബ് തോമസ് ഈ പരിപാടിയുടെ ഭാഗമായത്. പിന്നീട് ജേക്കബ് തോമസിനെ തിരികെ സര്വീസില് പ്രവേശിപ്പിക്കണമെന്ന് അഡ്മിനിസ്ട്രേറ്റീവ് ട്രിബ്യൂണല് വിധി വന്നതിന് പിന്നാലെ ഷൊര്ണൂര് മെറ്റല് ഇന്ഡസ്ട്രീസ് ചെയര്മാനും മാനേജിംഗ് ഡയറക്ടറുമാക്കി. ജയ് ശ്രീറാം വിളിച്ചുള്ള ആള്ക്കൂട്ട കൊലകളെക്കുറിച്ചുള്ള ചര്ച്ച ഉയര്ന്ന ഘട്ടത്തില് പൂര്വാധികം ശക്തിയോടെ ശ്രീരാമന് ജയ് വിളിക്കേണ്ട സമയം അതിക്രമിച്ചെന്നായിരുന്നു ജേക്കബ് തോമസിന്റെ പ്രതികരണം.
അനുമതിയില്ലാതെ പുസ്തകമെഴുതിയ കേസില് ജേക്കബ് തോമസിനെതിരെ പ്രൊസിക്യൂഷന് സര്ക്കാര് അനുമതി നല്കിയിരുന്നു. വിരമിക്കുന്നതിന് തൊട്ടുമുമ്പ് അഴിമതി കേസിലും തിരിച്ചടി നേരിട്ടിരുന്നു ജേക്കബ് തോമസ്. അനധികൃത സ്വത്ത് സമ്പാദന കേസില് വിജിലന്സ് കേസ് റദ്ദാക്കണമെന്ന ആവശ്യം ഹൈക്കോടതി തള്ളുകയായിരുന്നു. കേസില് പ്രഥമദൃഷ്ട്യാ കഴമ്പുണ്ടെന്നായിരുന്നു കോടതി നിരീക്ഷണം. തമിഴ്നാട് രാജപാളയത്ത് അമ്പത് ഏക്കറോളം ഭൂമി ബിനാമി പേരില് വാങ്ങിയതിന് വിജിലന്സ് രജിസ്റ്റര് ചെയ്ത കേസ് റദ്ദാക്കണമെന്നായിരുന്നു തോമസ് ജേക്കിന്റെ ആവശ്യം.