സംഘപരിവാർ പ്രതിഷേധത്തിനും സമ്മർദ്ദത്തിനും വഴങ്ങി എമ്പുരാൻ സിനിമയിൽ നിന്ന് 3 മിനുട്ടോളം വെട്ടിനീക്കി. റീ എഡിറ്റഡ് വേർഷൻ തിങ്കളാഴ്ച മുതൽ പ്രദർശിപ്പിക്കും. ഗുജറാത്ത് കലാപത്തിന്റെ റഫറൻസിൽ ഉള്ള ഗർഭിണിയെ ബലാത്സംഗം ചെയ്യുന്ന സീനും ഹിന്ദുത്വ ഗ്രൂപ്പിന് നേതൃത്വം നൽകുന്ന വില്ലൻ ബാബു ബജ്റംഗിയുടെ പേരും സിനിമയിൽ നിന്ന് നീക്കിയിട്ടുണ്ട്. ഗോധ്ര കലാപത്തിൽ സംഘപരിവാറിന്റെ പങ്ക് സിനിമ പരാമർശിച്ചതും ബാബു ബജ്റംഗി എന്ന കലാപത്തിന് സൂത്രധാരനായ വില്ലൻ പിന്നീട് കേന്ദ്രഭരണത്തിലെനിർണായ ശക്തിയാകുന്നത് ചിത്രീകരിച്ചതുമടക്കം സംഘപരിവാർ- ബിജെപി ക്യാമ്പുകളിൽ പ്രതിഷേധമുണ്ടാക്കിയിരുന്നു. സിനിമക്കെതിരെ ബോയ്കോട്ട് കാമ്പയിനും മുതിർന്ന ബിജെപി ആർഎസ്എസ് നേതാക്കളുടെ പ്രതികരണവും ഉണ്ടായി. സിനിമയിലെ വിവാദ രംഗങ്ങൾ നീക്കാൻ പൃഥ്വിരാജിന് നിർദേശം നൽകിയെന്ന് ആദ്യം വെളിപ്പെടുത്തിയത് നിർമ്മാതാവ് ഗോകുലം ഗോപാലനാണ്. പിന്നീട് ഇക്കാര്യം ശരിവച്ച് മോഹൻലാലും രംഗത്ത് വന്നു.
നിർമ്മാതാക്കൾ സെൻസർ ബോർഡിനോട് ആവശ്യപ്പെട്ടതിന് പിന്നാലെയാണ് വീണ്ടും സെൻസറിംഗ് നടന്നത്. സംഘപരിവാർ ദേശീയ നേതൃനിരയിലുള്ള ജെ നന്ദകുമാർ, എ.ജയകുമാർ എന്നിവർ സിനിമക്കെതിരെ പരസ്യമായി രംഗത്ത് വന്നിരുന്നു. ഗോകുലം ഗോപാലനെയും മോഹൻലാലിനെയും പ്രിവ്യൂ കാണിക്കാതെയും തെറ്റിദ്ധരിപ്പിച്ചുമാണ് സംവിധായകൻ പൃഥ്വിരാജ് ഈ രംഗങ്ങൾ കൂട്ടിച്ചേർത്തത് എന്നായിരുന്നു എ.ജയകുമാറിന്റെ ആരോപണം. മാർച്ച് 30 ഞായറാഴ്ച അവധി ദിവസത്തിലാണ് സിനിമയുടെ റി എഡിറ്റും റി സെൻസറിംഗും പൂർത്തിയാക്കിയത്. സംഘപരിവാറിന്റെ മുതിർന്ന നേതൃത്വവുമായി നടത്തിയ ചർച്ചകൾക്കൊടുവിൽ ചിത്രത്തിലെ വിവാദ ഭാഗങ്ങൾ നീക്കാനും പരസ്യ ഖേദപ്രകടനത്തിനും നിർമ്മാതാക്കൾ തീരുമാനിക്കുകയായിരുന്നുവെന്നാണ് റിപ്പോർട്ട്.
കലാകാരൻ എന്ന നിലയിൽ എൻ്റെ ഒരു സിനിമയും ഏതെങ്കിലും രാഷ്ട്രീയ പ്രസ്ഥാനത്തോടോ, ആശയത്തോടോ, മതവിഭാഗത്തോടോ വിദ്വേഷം പുലർത്തുന്നില്ല എന്ന് ഉറപ്പുവരുത്തേണ്ടത് എൻ്റെ കടമയാണ്. അതുകൊണ്ടു തന്നെ എൻ്റെ പ്രിയപ്പെട്ടവർക്ക് ഉണ്ടായ മനോവിഷമത്തിൽ എനിക്കും എമ്പുരാൻ ടീമിനും ആത്മാർത്ഥമായ ഖേദമുണ്ട്, ഒപ്പം അതിൻ്റെ ഉത്തരവാദിത്വം സിനിമയ്ക്ക് പിന്നിൽ പ്രവർത്തിച്ച ഞങ്ങൾ എല്ലാവരുടേതുമാണ് എന്ന തിരിച്ചറിവോടെ അത്തരം വിഷയങ്ങളെ നിർബന്ധമായും സിനിമയിൽ നിന്ന് നീക്കം ചെയ്യാൻ ഞങ്ങൾ ഒരുമിച്ച് തീരുമാനിച്ച് കഴിഞ്ഞു എന്നാണ് റി സെൻസറിംഗിന് മുമ്പ് മോഹൻലാൽ പ്രതികരിച്ചത്.
പൃഥ്വിരാജിന് ഹിന്ദുവിരുദ്ധ നിലപാട് മുമ്പേ ഉണ്ടെന്നും മോഹൻലാൽ സിനിമയുടെ കഥ അറിഞ്ഞില്ലെന്ന വാദം വിശ്വസിക്കാനാവില്ലെന്നും ആർ.എസ്.എസ് മുഖപത്രം ഓർഗനൈസർ ഇന്ന് പ്രസിദ്ധീകരിച്ച ലേഖനത്തിൽ പറയുന്നുണ്ട്. എമ്പുരാൻ എന്ന സിനിമയുടെ സാമ്പത്തിക സ്രോതസ് അന്വേഷിക്കണമെന്നാണ് ആർഎസ്എസ് പ്രസിദ്ധീകരണം ആവശ്യപ്പെടുന്നത്. എമ്പുരാനിൽ പൃഥ്വിയുടെ കഥാപാത്രത്തിന്റെ പേര് മസൂദ് സയീദ് ആണെന്നത് യാദൃച്ഛികമാണെന്ന് കരുതുന്നുണ്ടോയെന്ന് ലേഖനം. ജയ്ഷെ മുഹമ്മദ് ഭീകരൻ മസൂദ് അസ്ഹറിന്റെയും ലഷ്കറെ തൊയ്ബ ഭീകരൻ ഹാഫിസ് സയീദിന്റെയും പേരുകളുടെ ഒരു കൂട്ടിച്ചേർക്കലാണിതെന്നാണ് ഓർഗൈനസറിന്റെ വാദം.