സിസ്റ്റര്‍ അഭയക്കേസ് അന്വേഷണത്തിന്റെ ആദ്യഘട്ടത്തില്‍ ക്രൈംബ്രാഞ്ച് അട്ടിമറിക്ക് ശ്രമിച്ചെന്ന് മുഖ്യസാക്ഷി അടയ്ക്കാ രാജു. കേസില്‍ വിളിച്ചപ്പോള്‍ കൊലക്കുറ്റം ഏറ്റെടുക്കാന്‍ ക്രൈംബ്രാഞ്ച് ഉദ്യോഗസ്ഥര്‍ ആവശ്യപ്പെട്ടെന്ന് രാജു ഏലിയാസ് കോടതിയില്‍ വെളിപ്പെടുത്തി. തിരുവനന്തപുരത്തെ സിബിഐ പ്രത്യേക കോടതിയില്‍ നടക്കുന്ന വിചാരണക്കിടെ മജിസ്‌ട്രേറ്റിന്റെ ചോദ്യത്തിന് മറുപടിയായാണ് രാജുവിന്റെ വെളിപ്പെടുത്തല്‍.

കേസില്‍ പ്രതിയായ ഫാദര്‍ തോമസ് കോട്ടൂരിനെതിരായ മൊഴിയില്‍ ഉറച്ചുനില്‍ക്കുകയാണെന്നും രാജു വ്യക്തമാക്കി. സിസ്റ്റര്‍ അഭയ കൊല്ലപ്പെട്ട ദിവസം രണ്ട് പേര്‍ ഏണി കയറി കോണ്‍വെന്റിലേക്ക് പോകുന്നത് കണ്ടു. അതില്‍ ഒരാള്‍ തോമസ് കോട്ടൂരാണ് എന്ന് ഉറപ്പുണ്ടെന്നും രാജു വ്യക്തമാക്കി. കോടതിയിലുണ്ടായിരുന്ന തോമസ് കോട്ടൂരിനെ തിരിച്ചറിഞ്ഞ് രാജു ചൂണ്ടിക്കാട്ടുകയും ചെയ്തു.

വിചാരണയ്ക്കിടെ രണ്ട് പ്രധാനസാക്ഷികള്‍ കൂറുമാറിയത് പ്രോസിക്യൂഷന് തിരിച്ചടിയായിരുന്നു. സിസ്റ്റര്‍ അഭയ കേസില്‍ 50-ാം സാക്ഷി സിസ്റ്റര്‍ അനുപമ മൊഴിമാറ്റി. അഭയ കൊല്ലപ്പെട്ട ദിവസം കോണ്‍വെന്റിലെ അടുക്കളയില്‍ ശിരോവസ്ത്രവും ചെരിപ്പും കണ്ടിരുന്നുവെന്നായിരുന്നു ഒപ്പം താമസിച്ചിരുന്ന അനുപമയുടെ ആദ്യ മൊഴി. കൂടാതെ രാത്രിയില്‍ പഠിച്ചുകൊണ്ടിരിക്കുമ്പോള്‍ കിണറില്‍ എന്തോ വീഴുന്നതിന്റെ ശബ്ദം കേട്ടിരുന്നതായും മുന്‍പ് പൊലീസിനോട് പറഞ്ഞിരുന്നു. എന്നാല്‍ തിങ്കളാഴ്ച കേസില്‍ വിചാരണയാരംഭിച്ചപ്പോള്‍ അനുപമ കൂറുമാറി.

ശിരോവസ്ത്രവും ചെരിപ്പും കണ്ടിട്ടില്ലെന്നും കിണറില്‍ നിന്ന് ശബ്ദം കേട്ടിട്ടില്ലെന്നും സാക്ഷി വിസ്താരത്തിനിടെ അവര്‍ മൊഴി മാറ്റി പറഞ്ഞു. അന്നേ ദിവസം അസ്വാഭാവികമായി ഒന്നും ശ്രദ്ധയില്‍പ്പെട്ടില്ലെന്നാണ് പ്രോസിക്യൂഷന്റെ ചോദ്യങ്ങള്‍ക്ക് മറുപടിയായി അനുപമ പറഞ്ഞത്. ഇതോടെ ഇവരെ കൂറുമാറിയതായി പ്രഖ്യാപിക്കണമെന്ന് പ്രോസിക്യൂഷന്‍ ആവശ്യപ്പെട്ടു. ഇതോടെ സാക്ഷി കൂറുമാറിയതായി സിബിഐ കോടതി പ്രഖ്യാപിച്ചു.

1992 മാര്‍ച്ച് 27ന് സിസ്റ്റര് അഭയയെ പയസ് ടെന്‍ത് കോണ്‍വെന്റിലെ കിണറ്റില്‍ മരിച്ച നിലയില്‍ കണ്ടെത്തുകയായിരുന്നു. ഫാ. തോമസ് കോട്ടൂര്‍, സിസ്റ്റര്‍ സെഫി എന്നിവരാണ് കേസിലെ പ്രതികള്‍. പ്രതിപ്പട്ടികയിലുണ്ടായിരുന്ന ഫാ. ജോസ് പുതൃക്കയിലിനേയും മുന്‍ എസ്പി കെടി മൈക്കിളിനേയും കോടതി വിചാരണയില്‍ നിന്നും ഒഴിവാക്കി. ഇരുവര്‍ക്കുമെതിരെ തെളിവില്ലെന്ന് ചൂണ്ടിക്കാട്ടിയാണ് കോടതി നടപടി.